À l'interface entre la biologie et l'informatique, la bio-informatique et ses outils font aujourd'hui partie du "paysage" des laboratoires qui s'intéressent de près ou de loin à la structure, au fonctionnement et à l'évolution des génomes. Pour tous ceux qui oeuvrent au sein de tels laboratoires, s'approprier les outils d'analyse, de stockage et de visualisation des séquences d'acides nucléiques et d'acides aminés est devenu une nécessité.

Il ne s'agit pas ici d'apprendre à programmer, mais de comprendre les outils à disposition et leur principe de fonctionnement afin de choisir le plus approprié.

L'ouvrage est structuré de manière extrêmement lisible en cinquante-huit fiches regroupées thématiquement. Étudiées pour que le lecteur accède efficacement à l'information recherchée, les fiches trouvent matière à approfondissement, à la fin de chaque thématique, sous la forme d'une sélection de références à des articles scientifiques, à des ouvrages et à des sites Internet.

Ce livre a été conçu pour des biologistes, quel que soit leur niveau de connaissance en génomique, qui travaillent sur des projets de biologie moléculaire, de génomique ou de génétique.

• Généralités
  • Fiche 1. Bio-informatique et bio-analyse : définitions
  • Fiche 2. Quelques généralités sur les gènes et les génomes
  • Banques et bases de données en biologie
  • Fiche 3. Introduction
  • Fiche 4. Banques généralistes
  • Fiche 5. Bases de données spécialisées de génomes complets
  • Fiche 6. Bases de données dédiées aux expériences à grande échelle
  • Fiche 7. Bases de données dédiées à des familles de séquences
  • Fiche 8. Généralités sur les outils de recherche, d'analyse et de visualisation
  • Fiche 9. Outils d'interrogation de données : databank browsers
  • Fiche 10. Outils de navigation génomique : genome browsers
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• Alignement des séquences
  • Fiche 11. Principes
  • Fiche 12. Alignements graphiques et programmation dynamique
  • Fiche 13. BLAST
  • Fiche 14. Statistiques de BLAST et E-value
  • Fiche 15. Pièges de BLAST
  • Fiche 16. Filtrage des séquences et recherche de motifs avec BLAST
  • Fiche 17. Différentes variantes de BLAST
  • Fiche 18. FASTA
  • Fiche 19. Introduction à l'alignement multiple
  • Fiche 20. Principales méthodes d'alignement multiple
  • Fiche 21. Alignement multiple : ClustalW
  • Fiche 22. Alignement multiple : ClustalW en ligne de commande
  • Fiche 23. Alignement multiple : DIALIGN
  • Fiche 24. Alignement multiple : T-Coffee
  • Fiche 25. Alignement multiple : MUSCLE
  • Fiche 26. Alignement multiple : MAFFT
  • Fiche 27. Choix d'un logiciel d'alignement multiple
  • Pour en savoir plus...
• Domaines protéiques
  • Fiche 28. Domaines, modules ou motifs protéiques et leurs bases de données
  • Pour en savoir plus...
• Reconstruction phylogénétique
  • Fiche 29. Introduction
  • Fiche 30. Méthodes basées sur les matrices de distances
  • Fiche 31. Méthodes basées sur le principe de parcimonie
  • Fiche 32. Méthodes basées sur le maximum de vraisemblance
  • Fiche 33. Estimation de la robustesse
  • Fiche 34. Choix d'une méthode
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• Annotation des génomes
  • Fiche 35. Introduction
  • Fiche 36. Prédiction des séquences codantes et chaînes de Markov
  • Fiche 37. Annotation structurale, ou syntaxique
  • Fiche 38. Introduction à l'annotation fonctionnelle
  • Fiche 39. Limites de l'annotation des génomes
  • Fiche 40. Introduction à l'annotation fonctionnelle in silico
  • Fiche 41. Annotation fonctionnelle in silico par recherche d'homologies
  • Fiche 42. Annotation fonctionnelle in silico : alignement de paires de séquences
  • Fiche 43. Annotation fonctionnelle in silico : alignement multiple de séquences
  • Fiche 44. Annotation fonctionnelle in silico : méthodes de reconnaissance par repliements
  • Fiche 45. Annotation fonctionnelle in silico : conservation de la fonction et similarité de séquences
  • Fiche 46. Annotation fonctionnelle in silico : propriétés intrinsèques des séquences
  • Fiche 47. Annotation fonctionnelle in silico : exploitation du contexte des gènes
  • Fiche 48. Conclusions sur l'annotation fonctionnelle in silico
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• Comparaison des génomes
  • Fiche 49. Introduction
  • Fiche 50. Événements de spéciation et de duplication
  • Fiche 51. Orthologie et paralogie
  • Fiche 52. Processus de comparaison des génomes
  • Fiche 53. Classification des espèces tenant compte de leur contenu génétique
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• Analyse du transcriptome
  • Fiche 54. Définition des séquences sonde pour la PCR et pour les puces à ADN
  • Fiche 55. Introduction à l'analyse statistique des expériences sur le transcriptome
  • Fiche 56. Méthodes de l'analyse statistique des expériences sur le transcriptome
  • Fiche 57. Analyse statistique des expériences sur le transcriptome : signification statistique
  • Fiche 58. Analyse statistique des expériences sur le transcriptome : représentations graphiques
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