Chémogénomique

Des petites molécules pour explorer le vivant : une introduction à l'usage des biologistes, chimistes et informaticiens

Eric Maréchal, Sylvaine Roy, Laurence Lafanechère - Collection Grenoble Sciences - Rencontres Scientifiques

257 pages, parution le 06/09/2007

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Résumé

La recherche en biologie et en chimie connaît une mutation sans précédent qui se traduit par l'adoption de techniques massivement parallèles et automatisées, dans des domaines tels que le séquençage de génomes, l'utilisation des puces à ADN et la chimie combinatoire. Il est possible de générer et stocker de quelques dizaines de milliers à plusieurs millions de petites molécules nouvelles par de nouvelles stratégies de synthèse chimique. Le criblage robotisé de petites molécules est une des technologies qui révolutionne actuellement la biologie, d'abord développée pour la recherche pharmaceutique et récemment mise en oeuvre pour la recherche académique. Le criblage, qu'il soit à haut débit ou à haut contenu d'information, permet ainsi d'identifier parmi des collections de molécules (ou chimiothèques) des composés bioactifs agissant sur une protéine, une cellule, un organisme ou toute autre cible biologique d'intérêt. Ces composés peuvent être des candidats médicaments, des molécules valorisables pour certaines applications biotechnologiques, biomédicales ou agronomiques, ou encore des outils pour la recherche. Manipulant de très grands nombres d'informations biologiques (issues de la post-génomique), chimiques et expérimentales, le criblage ne peut s'envisager sans un traitement mathématique et informatique.

Chemogénomique présente les méthodes et concepts qui constituent le socle de cette discipline naissante à l'usage de biologistes, chimistes, informaticiens et pharmaciens. Des définitions partagées entre plusieurs disciplines sont ainsi proposées. L'ouvrage est structuré en chapitres courts pour faciliter son utilisation. Dans le même but, il contient de nombreuses illustrations, exemples pratiques et un glossaire-index.

Cet ouvrage est destiné à un public large de biologistes, chimistes, pharmaciens, informaticiens. Il concerne les chercheurs, universitaires, ingénieurs impliqués dans les essais biologiques, le criblage et les chimiothèques. Les étudiants trouveront là un manuel de référence accessible dès les premières années (L, BTS, IUT) et au-delà.

Cet ouvrage est le résultat d'un travail collectif dirigé par Eric Maréchal, Sylvaine Roy et Laurence Lafanechère. De nombreux chercheurs, universitaires, ingénieurs ont apporté leurs expériences : Samia Aci, Caroline Barette, Gilles Bisson, Alain Chavanieu, Jean Gros, Benoît Deprez, Gérard Grassy, Marcel Hibert, Dragos Horvath, Martine Knibiehler, Jordi Mestres, Didier Rognan, André Tatar, Samuel Wieczorek, Yung-Sing Wong.

Sommaire

Le criblage pharmacologique automatisé
- Le processus de criblage pharmacologique : la petite molécule, la cible biologique, l'automate, le signal et l'information
- Les collections de molécules pour le criblage : exemple de la chimiothèque Nationale
- L'essai biologique miniaturisé : contraintes et limites
- Le signal : aspects statistiques, normalisation, analyse élémentaire
- La mesure de la bio-activité : Ki, IC50 et EC50
- La modélisation du criblage pharmacologique : maîtrise des processus et des informations chimiques, biologiques et expérimentales
- La démarche qualité pour le criblage automatisé
Le criblage à haut contenu d'information et les stratégies pour la génétique chimique
- Le criblage phénotypique sur cellules et les stratégies de génétique chimique directe
- Le criblage à haut contenu d'information pour la génétique chimique directe (criblage phénotypique sur organismes) et inverse (criblage structural par RMN)
- Quelques principes sur la Synthèse Orientée vers la Diversité
Vers une exploration in silico des espaces chimique et biologique
- Descripteurs moléculaires et indices de similarité
- La lipophilie des molécules : un descripteur prépondérant pour la QSAR
- L'annotation et la classification de l'espace chimique pour la chemogénomique
- L'annotation et la classification de l'espace biologique pour la chemogénomique
- Apprentissage artificiel et données de criblage
- Criblage virtuel par docking moléculaire

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Caractéristiques techniques

	PAPIER
Éditeur(s)	EDP Sciences
Auteur(s)	Eric Maréchal, Sylvaine Roy, Laurence Lafanechère
Collection	Grenoble Sciences - Rencontres Scientifiques
Parution	06/09/2007
Nb. de pages	257
Format	17 x 25
Couverture	Broché
Poids	542g
Intérieur	Noir et Blanc
EAN13	9782759800056
ISBN13	978-2-7598-0005-6