Résumé
Ce livre est une introduction pratique à la programmation en Perl pour les biologistes. Perl excelle dans les fonctions indispensables à cette discipline : traitement de chaînes de caractères, mise en réseau, possibilité de piloter d'autres programmes et prototypage rapide. Cet ouvrage ne nécessite aucune connaissance préalable de la programmation. Il envisage la programmation comme un outil à part entière et désormais indispensable de la recherche en biologie.
Sommaire
Préface
1. Biologie et informatique
Organisation de l'ADN
Organisation des protéines
In Silico
Limites du calcul
2. Premiers pas en Perl
Une courbe d'apprentissage basse et
longue
Avantages de Perl
Installation de Perl sur votre
ordinateur
Comment exécuter des programmes
?
Éditeurs de texte
Obtenir de l'aide
3. L'art de la programmation
Différentes approches pour la
programmation
Édition-exécution-modification (et
sauvegarde)
Sauvegardes
Messages d'erreur
Débogage
Un vivier de programmes
Les programmes libres (open
source)
Stratégies de programmation
Le processus de la programmation
4. Séquences et chaînes de caractères
Représentation de données de
séquences
Un programme pour stocker une séquence
d'ADN
Concaténation de fragments d'ADN
Transcription : ADN en ARN
Utilisation de la documentation
Perl
Calcul du complément inverse d'un brin
d'ADN en Perl
Protéines, fichiers et tableaux
Contexte scalaire et contexte de
liste
Exercices
5. Motifs et boucles
Contrôle du flux du programme
Format du code
Recherche de motifs
Comptage des nucléotides
Séparation d'une chaîne de caractères
en un tableau
Manipulation de chaînes de
caractères
Écriture dans des fichiers
Exercices
6. Sous-programmes et débogage
Sous-programmes
Portée et sous-programmes
Arguments de la ligne de commande et
tableaux
Transmission de données aux
sous-programmes
Modules et bibliothèques de
sous-programmes
Correction des bogues
Exercices
7. Mutations et nombres aléatoires
Générateurs de nombres
aléatoires
Un programme qui utilise les nombres
aléatoires
Un programme pour simuler les
mutations dans les séquences d'ADN
Générer une séquence d'ADN
aléatoire
Analyse d'une séquence d'ADN
Exercices
8. Le code génétique
Hachages
Structures de données et algorithmes
pour la biologie
Le code génétique
Traduire de l'ADN en protéines
Lire des séquences d'ADN contenues
dans des fichiers au format FASTA
Cadres de lecture
Exercices
9. Cartes de restriction et expressions
régulières
Les expressions régulières
Opérations Perl
Exercices
10. GenBank
Les fichiers GenBank
Séparer la séquence des
annotations
Filtrer les annotations
Indexer GenBank avec DBM
Exercices
11. Protein Data Bank
Vue d'ensemble de la PDB
Fichiers et répertoires
Fichiers de la PDB
Filtrer les fichiers de la PDB
Contrôler d'autres programmes
Exercices
12. BLAST
Obtenir BLAST
Recherche de motifs et homologie
Les fichiers de sortie de BLAST
Filtrer les sorties BLAST
Présenter les données
Bioperl
Exercices
13. Aspects avancés du langage Perl
Quelques pistes pour aller plus
loin
Annexe A : Ressources
Annexe B : Résumé Perl
Index
Caractéristiques techniques
| PAPIER | |
| Éditeur(s) | O'Reilly |
| Auteur(s) | James Tisdall |
| Parution | 10/07/2002 |
| Nb. de pages | 382 |
| Format | 18 x 24 |
| Couverture | Broché |
| Poids | 696g |
| Intérieur | Noir et Blanc |
| EAN13 | 9782841772063 |
| ISBN13 | 978-2-84177-206-3 |
Avantages Eyrolles.com
Consultez aussi
- Les meilleures ventes en Graphisme & Photo
- Les meilleures ventes en Informatique
- Les meilleures ventes en Construction
- Les meilleures ventes en Entreprise & Droit
- Les meilleures ventes en Sciences
- Les meilleures ventes en Littérature
- Les meilleures ventes en Arts & Loisirs
- Les meilleures ventes en Vie pratique
- Les meilleures ventes en Voyage et Tourisme
- Les meilleures ventes en BD et Jeunesse
- Informatique Développement d'applications Programmation UNIX / Linux
- Informatique Développement d'applications Langages CGI - Perl
- Informatique Développement d'applications Langages Perl
- Sciences Mathématiques Mathématiques appliquées Mathématiques pour les sciences de la vie Biostatistiques
- Sciences Sciences de la vie Biologie Bio-informatique
