Introduction à Perl pour la bioinformatique

Introduction à Perl pour la bioinformatique

  • Nombre de pages : 382 pages
  • Date de parution : 10/07/2002 
  • EAN13 : 9782841772063

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Résumé

Ce livre est une introduction pratique à la programmation en Perl pour les biologistes. Perl excelle dans les fonctions indispensables à cette discipline : traitement de chaînes de caractères, mise en réseau, possibilité de piloter d'autres programmes et prototypage rapide. Cet ouvrage ne nécessite aucune connaissance préalable de la programmation. Il envisage la programmation comme un outil à part entière et désormais indispensable de la recherche en biologie.

Sommaire

Préface

1. Biologie et informatique
     Organisation de l'ADN
     Organisation des protéines
     In Silico
     Limites du calcul

2. Premiers pas en Perl
     Une courbe d'apprentissage basse et longue
     Avantages de Perl
     Installation de Perl sur votre ordinateur
     Comment exécuter des programmes ?
     Éditeurs de texte
     Obtenir de l'aide

3. L'art de la programmation
     Différentes approches pour la programmation
     Édition-exécution-modification (et sauvegarde)
     Sauvegardes
     Messages d'erreur
     Débogage
     Un vivier de programmes
     Les programmes libres (open source)
     Stratégies de programmation
     Le processus de la programmation

4. Séquences et chaînes de caractères
     Représentation de données de séquences
     Un programme pour stocker une séquence d'ADN
     Concaténation de fragments d'ADN
     Transcription : ADN en ARN
     Utilisation de la documentation Perl
     Calcul du complément inverse d'un brin d'ADN en Perl
     Protéines, fichiers et tableaux
     Contexte scalaire et contexte de liste
     Exercices

5. Motifs et boucles
     Contrôle du flux du programme
     Format du code
     Recherche de motifs
     Comptage des nucléotides
     Séparation d'une chaîne de caractères en un tableau
     Manipulation de chaînes de caractères
     Écriture dans des fichiers
     Exercices

6. Sous-programmes et débogage
     Sous-programmes
     Portée et sous-programmes
     Arguments de la ligne de commande et tableaux
     Transmission de données aux sous-programmes
     Modules et bibliothèques de sous-programmes
     Correction des bogues
     Exercices

7. Mutations et nombres aléatoires
     Générateurs de nombres aléatoires
     Un programme qui utilise les nombres aléatoires
     Un programme pour simuler les mutations dans les séquences d'ADN
     Générer une séquence d'ADN aléatoire
     Analyse d'une séquence d'ADN
     Exercices

8. Le code génétique
     Hachages
     Structures de données et algorithmes pour la biologie
     Le code génétique
     Traduire de l'ADN en protéines
     Lire des séquences d'ADN contenues dans des fichiers au format FASTA
     Cadres de lecture
     Exercices

9. Cartes de restriction et expressions régulières
     Les expressions régulières
     Opérations Perl
     Exercices

10. GenBank
     Les fichiers GenBank
     Séparer la séquence des annotations
     Filtrer les annotations
     Indexer GenBank avec DBM
     Exercices

11. Protein Data Bank
     Vue d'ensemble de la PDB
     Fichiers et répertoires
     Fichiers de la PDB
     Filtrer les fichiers de la PDB
     Contrôler d'autres programmes
     Exercices

12. BLAST
     Obtenir BLAST
     Recherche de motifs et homologie
     Les fichiers de sortie de BLAST
     Filtrer les sorties BLAST
     Présenter les données
     Bioperl
     Exercices

13. Aspects avancés du langage Perl
     Quelques pistes pour aller plus loin

Annexe A : Ressources

Annexe B : Résumé Perl

Index

Caractéristiques

 PAPIER
Editeur(s)O'Reilly
Auteur(s)James Tisdall
Parution 10/07/2002
Edition  1ère édition
Nb de pages 382
Format 18 x 24
CouvertureBroché
Poids 696
IntérieurNoir et Blanc
EAN13 9782841772063
ISBN13 978-2-84177-206-3

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